A Coordenação de Ensino, vinculada à Pró-Reitoria Acadêmica (PROAC), atua no planejamento e na execução das atividades didático-pedagógicas do UNIEGO. Seu trabalho cotidiano envolve o acompanhamento das Coordenações de Curso, a organização do calendário letivo, o suporte à aplicação das metodologias previstas nos Projetos Pedagógicos e a articulação dos programas de nivelamento e monitoria.

A Coordenação também acompanha o desempenho acadêmico das turmas, apoia a formação continuada dos docentes em parceria com o NAPED e zela para que a infraestrutura de ensino — salas, laboratórios e ambiente virtual — atenda às necessidades de cada curso.